Um dos seus principais idealizadores foi o saudita, Osama Bin Laden. O mais terrível ato de terrorismo atribuído a essa organização, foi o atentado de 11 de setembro de 2001 aos Estados Unidos.
Além de treinamento tático e domínio de armamento, os combatentes muçulmanos que lutaram no Afeganistão, também receberam de órgãos internacionais, como a CIA, conhecimento de organização de inteligência militar, tornando mais fácil a montagem de um comando avançado de operações.
A origem da Al-Qaeda está na Guerra Fria. Foi criada no final da década de 1980, durante a luta contra a invasão soviética ao Afeganistão, orquestrada pelos EUA, em conjunto com Arábia Saudita e governos europeus.
Com base nas estruturas operacionais que herdou daquela época, tornou-se o primeiro praticante da guerra não-convencional a ser realmente mundial em suas operações.