Referandumun ardından, dönemin Bosnalı Sırplar’ ın siyasi lideri Radovan Karaciç ve Slobodan Miloseviç, Bosna Hersek’ e karşı etnik temizlik başlattı.
Kısa sürede organize olan Boşnaklar, merhum Aliya İzzetbegoviç’ in etrafında kenetlenerek, onunla birlikte bağımsızlığın ağır bedelini ödemeye başladı. Savaş boyunca evler, camiler, tarihi eserler yıkılıp insanlar toplama kamplarında işkenceye tabi tutulurken, kadınlar sistematik tecavüzlere maruz kaldı.
Uluslararası toplumun bakısıyla 1 Kasım 1995 tarihinde imzalanan Dayton Antlaşması ile Bosna Hersek’ in sınırlarını korumayı başardı. Halkına uluslararası arenada tanınan bir devlet ve bayrak bırakan Aliya, sağlık durumu kötü olmasına rağmen, savaştan sonraki dört yıl boyunca da savaşın yaralarının sarılmasına ve ülkenin kalkınmasına önemli katkılarda bulundu.
Sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında başkanlıktan ve partisinin başkanlığından çekildi. Bosna-Hersek Eski Cumhurbaşkanı Aliya İzzetbegoviç, Saraybosna Hastanesinde 19 Ekim 2003 günü vefat etti.
Son günlerinde kendisi için büyük bir anıt mezar yapıldığını öğrenen Aliya, devlet yetkililerini bu projelerinden vazgeçirterek, şehitler arasında mütevazi bir mezarda gömülmek istediğini iletti. Talebi üzerine Aliya, Saraybosna’ daki Kovaçi Şehitliği’ nde kendisi için hazırlanan mezara defnedildi. Merhum Aliya’ nın,“ Her şeye kadir olan Allah’ a yemin ederim ki köle olmayacağız” şeklinde mezar taşında yazan sözü ise hayatı mücadele ile geçen liderin Boşnak halkına bıraktığı en önemli tavsiyelerinden biridir.
Bedeli çok ağır olsa da bağımsız Bosna kimliğini tüm dünyaya tanıtmak için hayatı boyunca cesurca mücadele eden özgürlük savaşçısı bu yegâne insanı, diğer dünya liderlerinden ayıran en önemli fark neydi?
Siyasetçi her zaman vardır ama devlet adamı bulmak kolay değildir. O, yakın tarihimizin ve Avrupa’ nın son yüzyılda
26 gördüğü en önemli devlet adamı, entelektüel bir alt yapıya sahip, felsefi ağırlığı olan bilge bir Müslümandı.“ Bilge Kral” lakabını fazlasıyla hak eden çağdaş bir aydındı. Onun fikirlerinin derinliğini ve birikimini daha iyi anlamak için özellikle:“ İslam Deklarasyonu, Tarihe Tanıklığım.”( Bu kitabının önsözünde bu benim hayat hikayem demiş, ülkenin yakın tarihini kendi diliyle anlatmıştı. Bir insanın tarihinin, bir halkın tarihiyle bu kadar aynileşmesi sadece özgürlük savaşçısı bir bilge krala özgü olabilirdi elbette.)
Ülkemizde de çok büyük bir okur kitlesinin bulunduğu İzzetbegoviç’ in: Köle Olmayacağız, Doğu Batı Arasında İslam, Özgürlüğe Kaçışım( mahkumken yazdığı), Konuşmalar, Bosna Mucizesi ve Anılarım adlı dünyaca ünlü kitaplarını okumak gerektiğine inanıyorum.
Bütün bunların yanı sıra benim nazarımda onu seçkin bir mücahit yapan, Avrupa’ da bütün kıyım ve zulme rağmen demir gibi sağlam bir maneviyatla Müslüman olmanın,“ Her şeye kadir olan Allah’ a and olsun ki köle olmayacağız.” diyerek üçüncü bir yolu seçmenin, dünyaya İslâm’ ın tutsak edilemeyeceğinin, Hak ve halk için zalimlere karşı direnmeyi tüm ümmete göstermenin ispatıdır o. Bir ömrü bir sevdaya adayarak, başı dik ve onurlu olarak ölmenin adı olmasıdır.
Sadece Saraybosna’ da 10 bin insanın katledilmesi, % 70 işgale uğramış topraklar ve toplamda 200 bin şehit. Yurtlarından sürülen yüz binlerce Boşnak, kaybedilen eğitimli, yetişkin, nitelikli nüfus. Bitmiş tükenmiş bir sanayi, adından bile söz edilmeyen ziraat, uzun müddet rayına oturamayacak eğitim, 160 kez