SEJARAH SEKOLAH
Sebelum Perang Dunia Pertama, seorang pendekar
Jawa bernama Kerma Wijaya telah tiba di sini dan
mendapati ia sesuai untuk didiami. Beliau telah
meneroka hutan di sini dan diganti dengan sawah
padi serta dusun. Kerma Wijaya telah berkahwin
dengan wanita tempatan dan dikurniakan beberapa
anak. Beliau dikenali sebagai Tok Jaya dan tempat
ini dinamakan sempena nama tersebut. Sekolah ini
pula adalah sempena nama kampung ini.
Penubuhan Sekolah Menengah Permatang Tok jaya
telah diusahakan oleh YB Datuk Seri Mohd Shariff
bin Hj. Omar, Ahli Parlimen Tasek Gelugor memandangkan ketiadaan sebuah sekolah menengah di kawasan Permatang Tok Jaya. Sebelum ini pelajar terpaksa ke Telok Air Tawar atau Kepala Batas yang
jauh jaraknya. Sekolah mula dibina pada 1992 di
atas kawasan seluas 13 ekar. Sekolah ini telah
dibuka untuk pengambilan pelajar pada tahun 1995
dari sekolah rendah berdekatan seperti SK Permatang Tok Jaya, SK Permatang Binjai dan SK Sungai
Puyu.
Pada tahun penubuhannya sekolah ini mempunyai 6 kelas iaitu 4 kelas tingkatan 1 dan 2 kelas tingkatan 2. Bangunan sekolah terdiri daripada 3 blok
tiga tingkat bangunan akademik, 1 blok tiga tingkat
makmal sains, dan 1 blok 2 tingkat bengkel Kemahiran Hidup serta sebuah bengkel Sains Pertanian.
Penyelaras sekolah pada ketika itu ialah En. Mat
Kamil bin Sudin berserta 10 orang guru.
Tanggal 2hb Oktober 1995 sekolah ini telah diserahkan
secara rasmi oleh Penolong Pegawai Pendidikan Daerah
ketika itu, Tn. Hj Ibrahim Said. Pengetua pertama sekolah ini ialah Tn. Hj Mohd Azli bin Mohamad. Beliau telah
berkhidmat di sekolah ini sehingga 5 Jun 1998.
Pada tahun 2000 Program Integrasi Pendidikan Khas
Bermasalah Pembelajaran telah dibuka di sekolah ini.
Pada awalnya, hanya 1 kelas program ini dengan 3
orang pelajar. Pada tahun berkenaan juga pembinaan 2
blok akademik yang baru serta pembinaan 2 blok bangunan asrama, rumah warden dan dewan makan telah
dimulakan. Pembinaan siap pada penghujung 2002.
Bangunan asrama mempunyai kapasiti 400 orang pelajar dan pengambilan pertama ialah pada tahun 2002.
Pada tahun 2003 sekolah ini telah dipilih oleh Kementerian Pelajaran Malaysia untuk memulakan Program Model Khas yang menggabungkan pendidikan
rendah dan menengah di bawah satu bumbung. Pendidikan rendah berkenaan ialah di peringkat Tahap II
iaitu Tahun 4, 5 dan 6. Semua pelajar tahap II ini tinggal
di asrama bersama pelajar menengah yang lain.
Sehingga awal 2007 terdapat sebanyak 38 kelas di sekolah ini. 28 darinya adalah kelas menengah biasa dari
Tingkatan 1 hingga 5, 6 kelas pada Tahap II Rendah iaitu
dari Tahun 4 hingga Tahun 6 dan 4 kelas Pendidikan
Khas. Antara program penting di sekolah ini ialah Kelas
Aliran Agama. Jumlah pelajar pula telah mencecah 1100
orang.