En la penúltima década del siglo XIX llega el fin de la supremacía en el poder por parte de los Liberales en gran medida por diversos factores tales como: el Federalismo, la duda a sus políticas económicas y el distanciamiento con la gran iglesia Católica,,suprema y última palabra.
El Federalismo ya delataba la ausencia de rigor y fundamentos fuertes del conglomerados de las instituciones nacionales, en cuanto al modelo de economía liberal, el descontento de la sociedad nacional , desconfianza, inseguridad y duda se fue incrementando por diferir de la integración de la economía a los mercados extranjeros, los cuales eran punto fundamental y significativo para el crecimiento de la economía local. Por último en el caso del distanciamiento con la iglesia, se da una constante lucha entre la iglesia y el conglomerado de instituciones nacionales, que afectó el apoyo a los liberales por parte de una población sumamente católica.
Rafael Nuñez convoca una coalisión como oposición al liberalismo. Entre algunas de las soluciones que se propuso a llevar a cabo convencidamente estaba el de la reconciliación con la iglesia, llegar a un arreglo de forma pacífica entre la guerra que se llevaba a cabo entre la iglesia y el conglomerado de instituciones nacionales, y es que le es de conveniencia tener buenas relaciones con la iglesia, capaz de influenciar al pueblo para dar o quitar apoyo.
La Regeneración