1830- 1849
El general Urdaneta reemplaza con ayuda de un levantamiento militar en sus ordenes a Mosquera. Este posicionamiento fue llevado acabo por los grupos civiles del momento. A causa de estos roces y enfrentamientos, se acudió al libertador, quien con un ligero rechazó no aceptó la invitación por parte de la asamble de notables a que diriguiera de nuevo a Colombia. Este rechazo se produjo a causa de la enfermedad que aquejaba a Bolívar, quien en ese año (1830) falleciera a causa de esta enfermedad.
Con la aprobación del obvispo de Popayán en 1839 el Congreso toma la decisión de suprimir los conventos menores de Pasto. Sin embargo los habitantes de este sector del sur del país sintieron un descontento y manifestaron encontra de esta nueva ley. Pero un año más tarde llegaría José María Obando para proteger a toda la población que sentiría una traición a la religión por parte del gobierno y del obvispo de esta ciudad. Cabe resaltar que ya los pastusos se había rebelado, pero ellos no obtuvieron un buen resultado y fueron derrotados.