La banda se caracteriza por su estilo musical eléctrico, que mezcla estilos muy variados, tales como rap, rock, ska, merengue, bossa nova, música balcánica, folclore latinoamericano, cumbia colombiana, cumbia villera, candombe, salsa, afrobeat, electrónica, entre otros, a menudo utilizando instrumentos no convencionales. En un primer momento se calificó a la banda como un grupo de reguetón, si bien pronto se desmarcan de este estilo.[cita requerida] La banda también es conocida por sus letras satíricas, así como un comentario social sobre temas de cultura y política latinoamericana y actualidad mundial.
La banda ha ganado 21 Premios Grammy Latinos y 3 Premios Grammy, siendo así en la música urbana los máximos ganadores del Grammy. En poco tiempo de trayectoria, el dúo se ha popularizado en América Latina. En julio de 2015, Calle 13 anunció a través de su publicista, Nannette Lamboy, que se tomaría un descanso para que los miembros del grupo pudieran realizar sus proyectos personales. La noticia fue oficializada confirmando además que la presentación de la banda en las festividades de los Juegos Panamericanos de Toronto 2015 sería la última presentación del grupo musical antes del mencionado descanso.