OSEZ L ' OPTIQUE un microscope optique on peut citer le logiciel Micro-Manager : « […] μManager works with microscopes from all four major manufacturers ( Leica , Nikon , Olympus and Zeiss ), most scientific-grade cameras and many peripherals used in microscope imaging ». C ’ est un projet open-source qui contient une grande variété d ’ instruments dans sa bibliothèque . puissance du laser , le contrôle de la position de l ’ échantillon sous le faisceau focalisé etc . On s ’ aperçoit vite qu ’ un logiciel spécifique écrit pour l ’ expérience initiale va devoir grandement se complexifier et de nombreuses problématiques vont alors se poser comme l ’ ajout de nouveaux instruments , leur remplacement en cas de panne , la gestion de l ’ affichage des données … L ’ affichage devait initialement gérer des scalaires en fonction du délai ( donc graphique 1D ) mais si l ’ expérimentateur décide d ’ enregistrer le spectre en fonction de la position XY de l ’ échantillon dans le microscope , l ’ affichage devra gérer des données 3D . L ’ affichage doit donc s ’ adapter à la dimensionnalité des données et du scan … Le développement de logiciels « maisons » et spécifiques à une expérience souffre d ’ un autre facteur déterminant : l ’ obsolescence . Elle est liée à plusieurs facteurs que sont : la licence du langage utilisé , la compatibilité avec le / les système d ’ exploitation , le remplacement ou l ’ ajout d ’ un instrument et surtout la fuite des cerveaux . La réalité est que beaucoup de ces logiciels « maisons » sont écrits par de jeunes chercheurs qui , particulièrement dans le milieu académique , sont amenés à partir après quelques années et emportent avec eux le savoir et la maîtrise du logiciel . Enfin , il y a la notion de facilité
Figure 1 . Dispositif expérimental d ' une expérience pompe-sonde d ' absorption transitoire femtoseconde . Une source laser femtoseconde est séparée en deux impulsions dont le retard est contrôlé par une platine de translation . La première impulsion , dite pompe , met le matériau dans un état excité . La seconde impulsion sonde le système à un retard donné en mesurant l ’ amplitude de la transmission à travers le matériau . L ’ expérience est répétée pour différents retards .
d ’ utilisation . En effet pour qu ’ un logiciel soit utilisé , il doit avoir une documentation claire et exhaustive , une interface graphique simple mais complète et une gestion des données performante . Pour obtenir un dispositif d ’ acquisition de données et d ’ orchestration expérimentale pérenne , il est donc vital de construire ou de choisir un logiciel modulaire et athématique .
Versatilité La versatilité ou modularité est vitale dès qu ’ on utilise plus d ’ un instrument dans un dispositif expérimental . Il s ’ agit donc de bénéficier d ’ une structure programmatique qui permette la définition du nombre et du type d ’ instrument sans limite intrinsèque ainsi que d ’ une bibliothèque d ’ instruments compatibles avec cette structure et dans laquelle on puisse puiser pour ajouter ou remplacer un instrument . Dans le cadre d ’ expériences utilisant
Logiciel agnostique Dans l ’ exemple précédent , micro-manager répond bien au critère de versatilité mais sous réserve que l ’ on souhaite faire une expérience autour d ’ un microscope . Les concepteurs ont choisi de s ’ adresser spécifiquement à la communauté des microscopistes avec un réel succès mais une limitation à cette thématique . Le fait que les logiciels d ’ acquisition soient développés autour d ’ une thématique ou application donnée s ’ explique par deux raisons : la première est qu ’ il est naturel d ’ aller directement vers la résolution de sa problématique expérimentale . Le temps qu ’ on y passe est déjà suffisamment important pour ne pas en investir plus dans une solution logicielle générique qui ne sera jamais utilisée dans son laboratoire . La seconde est liée aux interfaces utilisateurs . Si l ’ on souhaite offrir une telle interface aux utilisateurs du logiciel 1 pour leur confort et leur habitude d ’ utiliser ce type d ’ interface 2 alors il est relativement aisé de construire une interface dans un but ( thématique ou technique expérimentale ) précis mais qui aura alors tendance à être peu adaptable . Pour résoudre à la fois le problème de modularité instrumentale , d ’ interface graphique et de spécificité , PyMoDAQ a pris le parti de créer deux interfaces graphiques génériques ( modules de contrôle ) pour
1
Le parti pris inverse serait de n ’ offrir qu ’ une possibilité d ’ acquisition par l ’ écriture de scripts de code informatique
2
Microsoft Windows est passé par là ...
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