W czasie drugiej wojny światowej Karlin starała się walczyć z nazizmem . Udzielała schronienia antyhitlerowskiej dziennikarzowi , Hansowi Joachimowi Bonsackowi , przestała też publikować w niemieckiej prasie . Przez nacisk organizacji Kulturbund została zmuszona do opuszczenia domu rodzinnego i zamieszkania w mieście . Z początkiem 1941 jej prace zostały zakazane w całych Niemczech . Została aresztowana przez gestapo i wysłana do Mariboru . Przed obozem śmierci uratowała jej interwencja Thei Gamelin , która postanowiła dobrze wykorzystać swoje powiązania z Trzecią Rzeszą .
Alma Karlin , ilustracja z jej książki Einsame Weltreise
Wiosną 1944 kobiety postanowiły uciec do regionu Bela krajina w południowej słowacji . Mimo ciężkiej choroby Almy , partyzanci uniemożliwili im przedostanie się na południe Włoch . Do końca wojny Karlin przebywała w Dalmacji , a po powrocie w rodzinne strony ona i Thei zamieszkały we wsi Pečovnik . Alma Karlin zmarła 14 stycznia 1950 roku , na raka pierwsi i gruźlicę . Na cmentarzu spoczywa razem z Theą Schreiber Gammelin .
Klaudia Matuszczak