Die Ablösung des Hakenpflugs durch den Bodenwendepflug führte zur Umwandlung der Blockfluren in langgestreckte Gewannfluren, auf der eine Dreifelderwirtschaft betrieben wurde.
Mit der Zunahme der Bevölkerung und der Entwicklung des Handwerks wurde der Wald immer intensiver genutzt, als Waldweide, zur Erzeugung von Brennholz, Bauholz und Holzkohle. Teeröfen und Glashütten verursachten umfangreiche Rodungen. Wasserläufe wurden in ihrer Größe und ihrem Verlauf durch zahlreiche Mühlen verändert. Auf diesen Mühlenausbau ist letztendlich auch der beträchtliche Wasserspiegelanstieg der Müritz im 13. Jh. um bis zu 2 m zurückzuführen.
Verbesserte Produktionsinstrumente und die steigende Produktivität der Landwirtschaft führten zu einer zunehmenden Trennung von handwerklicher und agrarischer Produktion. In diese Zeit fallen auch die Stadtgründungen von Röbel und Waren( Müritz) als wirtschaftliche Zentren des Handwerks und des Handels. Neben der Landwirtschaft war die Fischerei im gewässerreichen Müritzgebiet eine wichtige Lebensgrundlage für die Bevölkerung.
Der Prozess des mit der Ostexpansion begonnenen wirtschaftlichen Aufschwungs und des Siedlungsausbaus setzte sich bis in die zweite Hälfte des 14. Jh. fort. Abgelöst wurde er von einer durch Pestepidemien, Missernten und Viehseuchen hervorgerufenen, schweren Wüstungsphase. Kalte niederschlagsreiche Klimaperioden, die allgemein zu einem deutlichen Seespiegelanstieg und damit zur Vernässung angrenzender oder tiefliegender Grünland- bzw. Ackerflächen führten, verschlechterten die Situation zusätzlich.
Die Mehrzahl der Bauern war bis in das 16. Jh. hinein persönlich freigeblieben. Sie hatten das Erbrecht und die Zahlung der Erbpacht war die Regel. So fand der Bauernkrieg in Mecklenburg kein Echo. Die kirchliche Reformation fand dagegen schnell viele Anhänger. 1549 wurde in Mecklenburg die evangelisch-lutherische Kirche offiziell gegründet.
Die schwersten Verwüstungen seiner Geschichte erlebte das Müritzgebiet wohl in der zweiten Hälfte des Dreißigjährigen Krieges( 1618-1648). Mehrfach zogen verschiedene Heere plündernd und mordend durch Mecklenburg. Die Bevölkerung Mecklenburgs hatte durch Hunger, Pest und Kämpfe von ca. 300.000 vor dem Krieg auf 40 – 50.000 am Kriegsende abgenommen.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg setzte in großem Umfang das sogenannte Bauernlegen ein, d. h. die Konfiszierung des bäuerlichen Grundbesitzes durch die Gutsherren. Die Bauern gerieten dadurch in eine direkte Abhängigkeit von ihrem Gutsherrn. An der Wende vom 18. zum 19. Jh. hatte