Po powrocie do kraju poeta zdecydował się rozpocząć służbę dworską, która pochłonęła 10 lat jego życia. Pobyt na Wawelu, najznakomitszym wówczas ośrodku kulturalnym i intelektualnym kraju, uzupełnił wiedzę artysty na temat spraw wagi państwowej. Kochanowski obracał się tam wśród ówczesnej elity kraju, spotykał wybitnych pisarzy-humanistów , był świadkiem i uczestnikiem toczących się na dworze sporów i polemik ideowych. A był to okres, kiedy dyskutowano o sprawach bardzo istotnych - o koniecznych reformach
w państwie polskim, o przyszłości ruchu reformacyjnego w Polsce, itp. Zachęcany przez swych możnych protektorów, rozważał nawet możliwość wstąpienia do stanu duchownego. Ostatecznie jednak zrezygnował z tej możliwości. Praca znakomitego dworzanina została doceniona i w końcu Kochanowski otrzymał tytuł sekretarza króla Zygmunta Augusta.
Kochanowski zmarł nagle na atak serca w 1584 roku w Lublinie, a śmierć autora "Trenów" głęboko poruszyła szerokie grono miłośników jego poezji. Został pochowany w Zwoleniu, gdzie znajduje się nagrobek z jednym
z dwóch zachowanych wizerunków poety.
W roku 1570 poeta porzucił dwór, na stałe osiadając w Czarnolesie, majątku odziedziczonym po rodzicach. Tam ożenił się z Dorotą Podlodowską. Z dala od tętniącego życiem miasta Kochanowski pragnie wcielić w życie filozofię stoików
i epikurejczyków, których był początkowo gorącym zwolennikiem. Wieś miała z jednej strony pozwolić poecie na odnalezienie spokoju, na pełną realizację artystycznych zamierzeń, z drugiej zaś na stworzenie szczęśliwej rodziny, odnalezienie się w roli gospodarza, męża i ojca. Nie oznaczało to jednakże całkowitej izolacji od życia dworskiego - za panowania króla Stefana Batorego Kochanowski ponownie pojawił się w Krakowie.
Spokojne chwile w Czarnolesie przerwała nagle śmierć dwóch córek - najpierw młodszej - Urszulki oraz starszej - Hanny.
5