В начале 1989 года Эдди Хоу выиграл любительский класс Marathon ралли-рейда «Париж — Дакар», а всего через несколько месяцев в продажу поступила версия R100GS Paris-Dakar. От базового варианта она отличалась не только шинами, одноместным седлом и баком увеличенной емкости, но и оригинальным полуобтекателем с прямоугольной фарой и переплетением защитных труб, охраняющим и двигатель, и обтекатель. Впрочем, в конце 1990 года подобное оформление «морды» получили и «обычные» GS'ы.
Третье поколение GS стало революционным — никогда еще конструкция мотоцикла не претерпевала столько изменений за раз. В январе 1993 года концерн представил совершенно новый оппозит — дорожно-спортивный BMW R1100RS. Мотор — с четырехклапанными головками цилиндров, расположенными у головок распредвалами и впрыском топлива. Силовой агрегат служил и главной несущей частью шасси — элементы подвесок соединялись с ним через стальные подрамники. Впереди — Telelever, объединяющий достоинства «телескопа» и рычажной подвески. Тормозная система — с ABS. Все эти революционные новшества достались и дебютировавшему в сентябре того же года BMW R1100GS. Уже в 1994 году новинка стала самой популярной моделью в мотоциклетной гамме BMW.