Por culpa de los constantes dragados que se han hecho al cenote, de los compuestos que la contaminación de la tierra que acaban en el cenote, la falta de fosas sépticas y la filtración del agua, este se ha ido contaminando muy fácilmente y deteriorando a lo largo de los últimos años. Si conseguimos limpiarlo y empezar a filtrar el agua en un circuito cerrado, sera muy dificil que se quede estancada y se contamine por esa misma razón.
Algunos de los métodos más usados para combatir la contaminación de la tierra (por lo tanto de cenotes, bosques y organismos en general) son: reduciendo las emisiones de metano y amonio de la agricultura, usando la energía producida por los basureros para alimentar a las ciudades, transformar el metano en electricidad y usar estufas de inducción para cocinar en vez de leña y carbón.
El cenote sagrado se encuentra al norte de la pirámide de Kukulcán en la zona arqueológico de Chichén Itzá, uno de los más importantes de la zona por los descubrimientos científicos e históricos que se han encontrado en las profundidades del cenote. Al tratarse de agua estancada, no hay renovación de esta como podría pasar en un lago.