Vėl mokykla pasitinka naują Rugsėjį. Koks jis bus tūkstantmečių sandūroje? Kolektyvas beveik nepakitęs. Išvyko tik metus mokykloje padirbėjusi Silvija Petkutė, vietoj jos atvyko jauna mokytoja D. Bielskienė, dar tik pradedanti studijuoti anglų kalbą, taip pat mokykloje pradėjo dirbti rusų k. mokytoja R. Krasauskienė. Taip pat mokykloje nebedirbs istorijos mokytoja G. Norkienė, nes grįžo vaikutį paauginusi R. Miliškevičienė. Išėjo atostogauti D. Žukauskienė.
Rugsėjo pirmosios šurmulys 1999 – 09 – 01 Šiais mokslo metais mokykla tarptautiniuose projektuose nedalyvavo. Mokyklos bendruomenė savo veikloje daugiausia pastangų įdėjo pasirengimui mokymosi profiliavimui 11 – 12 klasėse, dešimtmečio mokslo įgyvendinimui, mokinių parengimas laikyti valstybinius brandos ir pagrindinės mokyklos baigimo egzaminus. Mokytojai dalyvavo kursuose, seminaruose, patys rengė. E. Ubartienė, A. Lobinas, A. Anulienė apgynė savo specialybių vyr. mokytojų vardus, o J. Liaudanskienė, M. Ivanauskienė, A. Meiželienė, R. Vaitiekūnienė patvirtino specialybės mokytojo kvalifikacinę kategoriją.
Ir šiais m. m. mokykla tęsia bendradarbiavimą su Vokietijos Rydštato Martinė Niemollet mokykla. Ir šiais metais didelis dėmesys buvo skiriamas papildomam mokinių ugdymui. Pradinių klasių mokiniai dalyvavo „ Šviesaforo“ konkurse ir rajone užėmė 2 – ąją vietą. Mokyt. B. Vitkienės ruošta 4a kl. mokinė R. Rakauskaitė rajoninėje matematikų olipiadoje užėmė 1 – ąją vietą. 7c kl. mokinys M. Dovydaitis( mokyt. V. Turkus) iškovojo 3 – ąją vietą, G. Naujokaitė( B. Šliažienė) tarp 10 – jų klasių- 2 – ąją vietą. Tarp 11 klasių V. Sprainytė buvo trečia( I. Nakvosienė), o tarp 12 – tų klasių M. Gustys pelnė 1 – ąją vietą, A. Kuzminaitė – antrą. Puikiai mūsų mokiniams sekėsi ir rajoninėje chemikų olimpiadoje. 10 – os kl. mokinė G. Naujokaitė – 1 – oji vieta, 11 kl. mokinė V. Sprainytė- pirma vieta, dvyliktokai iškovojo net dvi prizines vietas: B. Penikaitė – 2 – ąją vietą, N. Gančieriūtė- 3 – ąją vietą. Visus mokinius chemijos olimpiadai ruošė mokyt. A. Brokoriūtė. 12 – jų kl. mokiniai gerai pasirodė ir rajoninėje fizikų olimpiadoje: M. Gustys – 2 – oji vieta, S. Repšytė – trečioji vieta. Biologijos rajoninės olimpiados prizininkais tapo 11 – osios kl. mokinys A. Žekys – pirmoji vieta, 12a kl. mokinė B. Penikaitė- antroji vieta. I. Kšenavičiūtė – 3 – oji vieta. Visus šiuos mokinius ruošė mokyt. L. Danienė. S. Pokienės mokinys M. Bičkovas – 3 – ąją vietą. Dešimtokė G. Naujokaitė laimėjo 3 – ąją vietą rajoninėje geografų olimpiadoje( G. Straukienė).