Quando Thomas acorda, encontra-se numa caixa metálica, escura e fria. A única coisa que se lembra é o seu nome. Quando finalmente vê luz do dia está rodeado de rapazes que não conhece, e que também não tem memórias. Bem-Vindo ao Glade! Lá fora, o Glade é rodeado de paredes gigantes, que delimitam um labirinto que é a única saída e de onde nunca ninguém voltou.
Tudo muda quando uma rapariga chega, que traz consigo uma mensagem aterradora.
Resolver o labirinto era suposto ser o fim. Thomas tinha a certeza que escapar do labirinto significava liberdade para ele e para os seus amigos. Mas a WICKED não terminou o seu trabalho e a fase dois começou agora.
Não há regras e não há ajuda. Os Gladers têm duas semanas para passarem o que eles chamam de Scorch, a secção mais queimada do mundo. Amizades são testadas e lealdades quebradas.
Já não estão sozinhos e a vida de uns, significa a morte de outros.