Dez anos depois, milhares de sistemas solares
querem abandonar a República. O movimento
separatista é liderado pelo antigo cavaleiro Jedi
Conde Dooku que renunciou à Ordem e está a
dificultar a paz dos cavaleiros. O Senador
Palpatine pede a Obi-wan e ao pupilo Anakin
que protejam Padmé Amídala, senadora de
Naboo, que tem sido alvo de tentativas de
assassinato. Numa das tentativas em que Anakin
arrisca a sua vida para salvar a senadora, os
cavaleiros seguem as pistas e descobrem que o
emissor dos ataques vem de um planeta que
alguém apagou dos arquivos Jedi - Kamino.
Anakin e Padmé apaixonam-se, mas têm que
renunciar aos seus sentimentos, uma vez que ele
seria expulso da ordem e ela afastada do
senado. Obi-wan vai ao planeta Kamino e
descobre que dez anos antes foi ordenada a
criação de um exército
de
clones para a República e que este não foi
autorizado pelo conselho Jedi. Entretanto,
Anakin sonha com a mãe e juntamente com
Padmé decide voltar a Tatooine para visitá-la
e descobre que esta foi raptada. Anakin
consegue resgatá-la mas a mãe acaba por
morrer nos seus braços. Kenobi segue o
fundador dos clones para outro planeta e
descobre que estão a construir outro exército
de androides para ajudar os separatistas
contra a República. Obi-wan ainda consegue
informar Palpatine sobre a conspiração mas é
capturado e Yoda acede em usar o exército de
clones de Kamino para derrubar os separatistas.
Anakin e Padmé acabam por ser capturados
também e condenados à morte juntamente com
Obi-wan. Todos os caveleiros Jedi aparecem em
seu auxílio e a batalha começa. Yoda aparece
também com o exército de clones, mas os líderes
separatistas acabam por fugir ilesos levando
consigo o projeto de uma arma terrível,
conhecida como
Estrela da Morte. Ao
verem
Dooku
fugir,
Obi-wan
e
Anakin
seguem-no e iniciam a
luta, Dooku corta o braço
que maneja o sabre de luz
a Anakin. São ambos
salvos por Yoda mas Dooku
acaba por conseguir fugir
e presta contas a Darth
Sidious, o Lord Sith. Anakin
e Padmé casam em segredo
apenas testemunhado por
R2-D2 e C-3PO. A guerra
dos clones começou.