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El edificio del museo posee tres niveles. En sus muestras y salas se homenajea a las personas, principalmente argentinos, que participaron en la historia de las islas y se incluyen aspectos de la naturaleza (flora y fauna) y geografía del archipiélago, mostrándose como una extensión insular de la Patagonia. Las salas poseen muestras audiovisuales que incluyen soporte de tecnología LCD y táctil. Se exhiben objetos históricos, textos literarios, imágenes, pinturas, cartas y documentos históricos, sonido ambiente, fotografías, mapas y planos. En el sector histórico, se incluye tanto la guerra de 1982, como la ocupación de 1833 y las resoluciones de las Naciones Unidas sobre la disputa territorial.
El museo es interactivo y en cada estación de las cuatro en que se divide hay «experiencias sensoriales», desde el viento característico de las islas y el mar, hasta el sonido de aviones de guerra. También incluye un memorial a los caídos en la guerra de 1982, en una plaza abierta a la que se puede llegar a través de un muelle que conecta el museo con un espacio al aire libre, que recrea la geografía y el paisaje de las islas, así como su flora y fauna. Hay también un lago artificial.
La plaza abierta y el lago se denominan Parque de la Soberanía, y representa el contorno en sobre relieve de las Malvinas, junto con la silueta del Crucero General Belgrano. En el exterior también hay un mástil con una gran bandera de Argentina que se puede visualizar desde varios kilómetros de distancia.