Malinalco fue evangelizado por franciscanos y dominicos, finalmente se le designa a los agustinos en 1533.
Fue en Malinalco donde tuvo su estancia Don José María Morelos y Pavón el 8 de enero de 1813; en esta localidad firmó un documento donde se "ordena que se devuelva a México una carta del cabildo eclesiástico en la que éste pedía donativos para ayudar en la guerra peninsular contra los franceses".
Cumpliendo con los requisitos fue ratificado su ayuntamiento por el gobernador Melchor Múzquiz, según consta en la Memoria del 15 de febrero de 1826; de esta la fecha de erección del municipio de Malinalco corresponde al 1º de enero.
Después de la guerra de Reforma los jefes reaccionarios y gavillas siguieron peleando durante los primeros meses de 1861; como refugio tenían las montañas de Ocuilan y Malinalco.
Con la aplicación de las leyes de Reforma los edificios, propiedades eclesiásticas y demás pasaron a manos del estado por lo que en Malinalco los conventos agustinos continuaron funcionando a la comunidad, pero su dueño era ahora el estado.