Durante la conquista española Malinalco se rebeló así que Andrés de Tapia tuvo el encargo de hacerlos rendir junto con la gente de Ocuilan (después de la noche triste).
La tierra recién pacificada se organizó en encomiendas así que en Malinalco las primeras fueron otorgadas a Cristóbal Rodríguez de Ávalos y a la Corona. Fue Cristóbal Rodríguez quien influyó en la tarea evangelizadora y apoyó para la edificación del convento.