Las vías digestivas, respiratorias y urogenitales, además de los ojos están cubiertas de membranas mucosas, las cuales son la entrada para muchos patógenos; a dicho ingreso se oponen varios mecanismos de defensa inespecíficos. Por ejemplo, la saliva, las lágrimas y las secreciones mucosas eliminan por lavado posibles invasores y asimismo contienen sustancias antibacterianas.
La lisozima es una enzima ampliamente distribuida en los fluidos corporales, su acción antimicrobiana se asocia a que cataliza la hidrólisis de los polisacáridos de la pared celular bacteriana. De igual manera la IgA aparece fundamentalmente en secreciones (Saliva, lágrimas, secreción intestinal, etc.) recubriendo mucosas expuestas al ataque de antígenos
La adherencia de las bacterias a mucosas se debe a las interacciones entre unas salientes filiformes llamadas pilos y cierta glucoproteínas o glucolípidos que son expresados por células epiteliales de las mucosas de determinados tejidos. En la vías respiratorias inferiores, la mucosa está recubierta por cilios, lo cuales tienen un movimiento sincrónico que permite expulsar a los patógenos retenidos en el moco.