La respuesta inmunitaria a los antígenos orales es diferente de las respuestas en otras localizaciones. Así, las altas concentraciones de anticuerpos de IgA asociados a los tejidos mucosos y, la tendencia a través de antígenos proteicos a inducir tolerancia en vez de activación de los linfocitos T, distingue a la mucosa bucal.
En la cavidad bucal, las infecciones persisten y reflejan infecciones sistémicas. En donde los microorganismos son de baja patogenicidad y llevan a cabo una respuesta inmunitaria de hipersensibilidad. En ocasiones la respuesta inflamatoria en los tejidos bucales adopta la forma de un patrón morfológico tales como las úlceras y pápulas formando placas, erosiones, granulomas como en el caso de la sífilis, o tuberculomas, lepromas, histoplasmosis y blastomicosis.
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