• Sala de Definición de Situaciones Jurídicas: tiene la responsabilidad de definir qué pasará con la situación jurídica de quienes no sean objeto de amnistía ni indulto ni tampoco estén incluidos en las resoluciones emitidas por la Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad.
• Sala de Unidad de Investigación y Acusación: cuando se presente un caso en el que la persona o los implicados no reconozcan su responsabilidad, esta será la autoridad encargada de investigar y, si existe mérito, llevar los procesos ante el Tribunal para la Paz.
• Secretaría Ejecutiva: encargada de la administración, gestión y ejecución de los recursos de la JEP.