El yaguareté pertenece al genero pantera (que incluye además al león, al tigre asiático y al leopardo). La principal diferencia entre este y el resto de los géneros de felinos que agrupan a las especies medianas y pequeñas, se basa principalmente en la estructura del hueso hioides (un hueso de la laringe) y de sus ligamentos, que permiten a estos grandes gatos emitir sus característicos rugidos algo que el resto de las especies no pueden hacer.
El yaguareté es el felino mas grande en el nuevo mundo y su apariencia es similar a la del leopardo (pantera pardos) pero es de mayor tamaño (puede alcanzar los 130 Kg. ) , tiene la cola mas corta y delgada hacia la punta , el cuerpo mas pesado , compacto y mazado , la cabeza mas robusta y las plantas de los pies mas largas e incluso mas redondeadas , especialmente en las patas traseras.
Sus garras son curvas, estiradas en la parte inferior y retractiles.
La abertura máxima de la boca fue reportada de un ángulo de aproximadamente 65 a 70 grados. Esta característica unida a sus fuertes caninos le son vitales para cazar: en efecto, la técnica de caza del yaguareté es el acecho, que culmina con un salto inesperado y un mordisco en la nuca para romper las vértebras cervicales o el cráneo de su víctima.
La piel tiene fondo amarillo rojizo, excepto en el interior de las orejas, en la parte inferior del hocico, las mandíbulas, la garganta y demás partes bajas del cuerpo, zonas en que es mas pálida; en la parte inferior de las patas predomina el blanco.
Manchas negras , tipo rosetas , redondas , alargadas o rayas y regulares que se bifurcan en la cruz y vuelven a juntarse en el lomo , formando en los flancos líneas mas o menos paralelas; mas pequeñas en , la cabeza, el cuello y las patas que en el resto del cuerpo .La cola tiene anillos en su tercio posterior.
YAGUARETÉ