Ο Κωνσταντίνος Κανάρης ήταν ένα από τα λίγα πρόσωπα στα οποία είχε εμπιστοσύνη ο Ιωάννης Καποδίστριας , ο πρώτος κυβερνήτης της ανεξάρτητης Ελλάδος .
Μετά τη στέψη του βασιλιά Όθωνα Α΄ , τον διόρισε καταρχήν πλοίαρχο γ΄ τάξεως κι έπειτα ναύαρχο . Μετά τη μεταπολίτευση του 1843 , ο Κανάρης έγινε υπουργός Ναυτικών στην κυβέρνηση Ανδρέα Μεταξά και κατόπιν στην κυβέρνηση Ιωάννη Κωλέττη . Το 1854 έγινε υπουργός Ναυτικών στην κυβέρνηση Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου .