Η οικογένεια Καποδίστρια είναι μία από τις παλαιότερες του νησιού . Λέγεται πως έφτασε στην Κέρκυρα στα τέλη του δέκατου τέταρτου αιώνα από την πόλη Κάπο ντ ’ Ίστρια , στη σημερινή Σλοβενία . Αν και το οικογενειακό τους όνομα ήταν Βιτόρι , σύντομα επικράτησε το επίθετο που προσδιόριζε την καταγωγή τους : Καποδίστρια .
Ο Ιωάννης Καποδίστριας ήταν το έκτο παιδί της πολυμελούς οικογένειας του κόμη Αντώνιο-Μαρία Καποδίστρια και της Διαμαντίνας Γονέμη , που ήταν ευγενικής καταγωγής . Ο ίδιος γαλουχήθηκε σε ένα αριστοκρατικό , εύπορο , πατριαρχικό και θρησκευόμενο περιβάλλον και αυτό διαμόρφωσε τις αρχές και τις πεποιθήσεις του σε μεγάλο βαθμό .