Τα τελευταία χρόνια ( 1796-1840 )
Στον αγώνα μετά την νίκη των Ελλήνων δεν είχε ούτε τα βασικά χρήματα για να επιβιώσει και αναγκάστηκε να ζητήσει βοήθεια από το κράτος . Κανένας δεν αναγνώρισε τις θυσίες της στον αγώνα και πέρασε το υπόλοιπο της ζωής της στην Μύκονο από όπου εκεί είχε καταγωγή η μητέρα της , που μέχρι και αυτή με την αδελφή της , την κατέκριναν , διότι είχε ξοδέψει όλοι την οικογενειακή περιουσία στην Ελληνική επανάσταση .
Η Μαυρογένη απεβίωσε καθώς , για κακή της τύχη , προσβλήθηκε από τυφοειδή πυρετό . Το 1840 άφησε την τελευταία της πνοή σε ηλικία 44 ετών φτωχιά και μόνη .
Ένα λαμπρό παράδειγμα για τους σημερινούς ανθρώπους έσβησε . Το όνομά της την τότε εποχή κανείς δεν το σεβόταν , αντιθέτως σήμερα τραγουδάμε και θαυμάζουμε τα κατορθώματά της .