Ο Βασιλιάς Όθων τον διόρίζει Αρχηγό του Ναυτικού Διευθυντηρίου …... Το τέλος του ….
Όσο μεγάλο και αν ήταν αυτό το κακό , δεν θα μπορούσε ποτέ να επισκιάσει τα άπειρα καλά που είχε προσφέρει ο Μιαούλης με τόση αυταπάρνηση στο Έθνος . Γι αυτό ο Βασιλιάς Όθων τον διόρισε Αρχηγό του Ναυτικού Διευθυντηρίου , Γενικό Επιθεωρητή του Στόλου και το 1834 Σύμβουλο της Επικρατείας Η υγεία του όμως ήταν κλονισμένη . Τα πολλά χρόνια στη θάλασσα με τις πιο αντίξοες συνθήκες είχαν φθείρει το σώμα του . Η αρρώστια της φυματίωσης τον έριξε στο κρεβάτι . Συχνά τον επισκεπτόταν ο Βασιλιάς Όθων . Ο Μιαούλης είχε καταλάβει το τέλος του και αντιμετώπιζε το θάνατο αγέρωχος σαν ήρωας και ήρεμος σαν καλός Χριστιανός Στην τελευταία επίσκεψη του Όθωνα είχε πει , απευθυνόμενος σε αυτόν : « Δεν με μένει πλέον ειμή ολίγαι στιγμαί ζωής . Βλέπω τον θάνατον έμπροσθέν μου , αλλά τον βλέπω με πλήρη αταραξίαν ψυχής , και αποχαιρετώ τον κόσμον ευχαριστημένος . Όσα επιθυμούσα εις την ζωήν μου τα απήλαυσα ….. Η τύχη της Ελλάδος ασφαλίσθη δια πάντα , δεν με μένει πλέον να επιθυμήσω τίποτε εις την ζωήν ….». Νωρίς το απόγευμα της 11ης Ιουνίου 1835 ο Ναύαρχος της Παλιγγενεσίας κάλεσε δίπλα του τα παιδιά του και όλους τους συγγενείς του . Τους αποχαιρέτησε και αφού μετάλαβε ευλαβικά , άφησε ήρεμα τη ψυχή του να επιστρέψει στο Δημιουργό !!!