Emily, se casó el sábado 25 de septiembre de 2010 con el escritor y actor David Hornsby durante una pequeña ceremonia privada en la zona de Pacific Palisades de Los Ángeles.
El primer hijo de la pareja, de nombre Henry Lamar Hornsby, nació el 21 de septiembre de 2011.
Ocasionando cambios radicales en el final de la sexta temporada de "Bones" serie en la cual Emily aparece como protagonista.