Llegada de los jesuitas
La llegada de los jesuitas en 1573 beneficio la instrucción pública superior, pues los miembros de esta orden dedicaron más tiempo en las labores educativas que en las de evangelización. En este mismo año se fundó el Colegio de San Pedro y San Pablo y posteriormente los de San Bernardo, San Miguel y San Gregorio, que en 1576 se incorporaron al Colegio de San Ildefonso. En estas instituciones se favoreció en el estudio de las humanidades, se enseñaban las primeras letras, gramática, retorica, filosofía y latín.
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Colegio de San Juan de Letrán
La primera institución que funciono como escuela para los mestizos fue el Colegio de San Juan de Letrán, se fundó el colegio para niñas, el de Nuestra Señora de la Caridad, donde se impartía la doctrina cristiana.