La historia empieza cuando un mercenario llamado Cloud, ex-SOLDADO de la compañía Shinra, que es contratado por un grupo eco-terrorista llamado AVALANCHA que lucha contra la compañía Shinra para que deje de extraer la energía vital del planeta.
Cloud al principio se muestra como una persona apática a la que solamente le importa el dinero que ganaría por cada misión, pero mientras la historia avanza se mete en un conflicto que envuelve tanto la vida del planeta, como su propio pasado, que está estrechamente relacionado con el SOLDADO Sephiroth que era el guerrero más poderoso del mundo por sus habilidades inhumanas. Desapareció misteriosamente 5 años atrás, por lo mismo todos los consideraban muerto. Pero ha sido visto y se cree que ha sido él, el que asesino al presidente Shinra. En este conflicto Sphiroth quiere conseguir la materia negra para conseguir más poder y eso le lleva a matar a Aeris manipulando a Cloud pero el se resiste y Sephiroth baja del cielo y clava su espada en el corazón de Aeris.
Cuando transcurre más la historia Sephiroth crea un meteorito para que destruir el planeta pero Cloud y sus compañeros tendran que intentar detenerlo.