Sephiroth: Antagonista principal del videojuego. Tras descubrir que nació de un horrible experimento de Hojo perdió la razón, odió a Hojo y terminó por extender su odio a los humanos y finalmente a todo. Creyendo ser un "Elegido" que ha de llevar adelante el deseo de "Madre" (JENOVA), busca la Materia Negra para invocar un meteorito que provocaría una herida mortal en el planeta y así apoderarse de su energía, convirtiéndose en un dios.
JENOVA: La calamidad del cielo, extraterrestre que llegó al planeta con la caída del primer meteorito 2.000 años antes de la historia de FFVII. Los Cetras lucharon contra ella y la enterraron. Muchos años después, Shinra encuentra sus restos y tras calificarla erróneamente como una Cetra, inició el Proyecto JENOVA, cuyo objetivo era crear humanos con los poderes de los ancianos.
Los Turcos: Son la organización especial de Shinra, se encargan de los asuntos más turbios, como secuestros, asesinatos, agresiones etc. Antes formaban parte del departamento de investigación de Shinra.