Η Κερκίνη προστατεύεται από τη σύμβαση Ραμσάρ και αποτελεί περιοχή του Ευρωπαϊκού Δικτύου «Φύση 2000».
Στην περιοχή της Κερκίνης συναντούμε πολλά είδη θηλαστικών όπως το τσακάλι, το λύκο, την αγριόγατα, τη βίδρα, τη νυφίτσα, το ζαρκάδι, το λαγό, το αγριογούρουνο κ.λ.π.
Υπάρχουν 10 είδη αμφίβιων και περίπου 20 είδη ερπετών.
Η ιχθυοπανίδα είναι επίσης πλούσια αφού υπάρχουν 30 είδη ψαριών με κυριότερα τα χέλια.