Juan Pablo II plantea un problema que suscitará un eco entre los hombres de cultura: ¿por qué diversos movimientos filosóficos contemporáneos insisten en subrayar la debilidad de la razón, impidiéndole de hecho ser ella misma, difundiendo así un escepticismo generalizado? Si con la Veritatis splendor el Papa quiso llamar la atención sobre algunas verdades de orden moral que habían sido mal interpretadas, con Fides et ratio quiere referirse a la "verdad misma" y su "fundamento" en relación con la fe. La Iglesia, afirma, "considera a la filosofía como una ayuda indispensable para profundizar en la inteligencia de la fe y comunicar la verdad del Evangelio a cuantos aún no la conocen".
Así pues, ciento veinte años después de la encíclica Aeterni Patris de León XIII (1879), Fides et ratio propone nuevamente el tema de la relación entre fe y razón, y hace ver las consecuencias negativas de la separación entre ambas. El Papa dice que, aunque parezca paradójico, la razón encuentra su apoyo más precioso en la fe, mientras que la fe cristiana, por su parte, tiene necesidad de una razón que se fundamente en la verdad para justificar la plena libertad de sus actos.