De los 9 ordenes conocidos para la isla, 5 (55.5%), tienen especies amenazadas incluidas en la Lista Roja Nacional de Especies Amenazadas de la República Dominicana.
La mayoría de los mamíferos amenazados, tanto endémicos como nativos, su principal problema ha sido la destrucción de sus hábitats y la depredación por animales introducidos (hurones, gatos, entre otros).