Squamata, abarca los subórdenes Amphisbaenia, Lacertilia y Serpentes, representados por lagartos de hábito terrestre o arborícola y culebras en su mayoría endémicas de la isla. Las familias que figuran en este Atlas son: Iguanidae, Boidae y Dipsadidae, cuyas especies son: Iguana Rinoceronte (Cyclura cornuta), Iguana de Ricord (Cyclura ricordii), Saltacocote (Anolis baleatus), Boa de La Hispaniola (Epicrates striatus) y las Culebras Haitiophis anomalus e Ialtris agyrtes.
Crocodylia, está representado en la isla por la familia Crocodylidae con la especie Cocodrilo Americano (Crocodylus acutus), cuya población está restringida al área geográfica del Lago Enriquillo, en la Región Suroeste del país.