En el bosque secundario, que cubre antiguas áreas de cultivo y pastoreo, las especies más comunes son la balsa, el peine de mico, el guarumo, el guácimo, el capulín blanco y el garocho. El manglar que cubre aproximadamente 18 hectáreas, está constituido por tres especies: mangle colorado, botoncillo y mariquita.
En la vegetación de playa sobresale el manzanillo, árbol que posee una sustancia lechosa y frutos venenosos, el almendro, el roble sabana y el coco.
La fauna es variada, se han distinguido 109 especies de mamíferos y 184 de aves. Entre la más sobresaliente, encontramos el mapache, el pizote, la guatusa, el perezoso de dos dedos, el perezoso de tres dedos, el mono carablanca, el mono congo y el mono tití, subespecie endémica del parque y que se encuentra en peligro de extinción, debido a la destrucción de su hábitat y su utilización como mascota.
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En el área también es frecuente observar especies de aves como el tucancillo, el pelícano o buchón, el guaco, el gavilán pescador, el martín pescador verde y el gallito de agua. Es posible observar iguanas y garrobos, serpientes e infinidad de insectos. Los principales problemas ambientales del parque lo constituye la deficiente planificación del desarrollo turístico en los alrededores, provocando una afluencia de visitantes masiva al área y contaminación al mar. Por otra parte, los monocultivos a gran escala deterioran el suelo y producen sedimentación en el mar. La basura y la alimentación de los animales silvestres por parte de los visitantes, son otros problemas que afronta el área.