Las crónicas mayas establecen claramente que los putunes conservaron su poder sobre la región de Bakhalal y Chactemal durante el periodo de la dominación de Mayapán (1200-1480) pero ni por eso abandonaron el dominio de su antiguo territorio al sur de Tabasco, sino que hicieron constantes viajes de ida y vuelta a Potonchán.
A la caída de Mayapán, la península de Yucatán se dividió en 16 pequeños estados, cacicazgos o provincias, cada uno con su propio gobernante. Entre estos cacicazgos existían rivalidades y guerras constantes, herencia de las luchas sin tregua entre los xiu y los cocomes. Esa era la situación reinante a la llegada de los primeros españoles.
En el Petén, Tayasal de los itzaes, Zacpetén de los ko'woj y Queixil de los yalnain, fueron las últimas ciudades mayas y mesoamericanas en ser conquistadas, en el 1697, después de varios intentos fallidos, incluyendo unos de Hernán Cortés en 1542.
En el altiplano sur surgieron otros estados mayas, entre ellos el reino k'iche' basado en Q'umarkaj (Utatlán), que produjo el Popol Vuh, la obra histórica y mitológica más conocida de los mayas. Otros estados en las tierras altas de Guatemala incluyen los reinos mam en Huehuetenango (Saculew), kaqchikel en Iximché, chuj en San Mateo Ixtatán y poqomam, probablemente en Mixco Viejo.