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Primer Mandato
A su regreso al país, en 1932, inició su carrera política, siendo elegido legislador por el bando conservador, al año siguiente, como presidente de la Cámara de Diputados, encabezó la oposición contra el gobierno de Juan de Dios Martínez Mera. Después de que el Senado declarara vacante la presidencia, asumió la magistratura el 1 de septiembre de 1934.
El primer mandato se caracterizó por la puesta en marcha de una serie de decisiones, una de estas fue el intentó de realizar una reforma agraria con la división de las grandes haciendas. Este primer gobierno tuvo aspectos positivos y tangibles a pesar de ser criticado por descuidar los problemas económicos del país. Pronto la oposición se focalizó en el Congreso, dirigido por el liberal Carlos Arroyo del Río. Velasco determinó desconocer al Congreso y convocar a una nueva Asamblea Constituyente. Ante esta actitud fue apresado y obligado a renunciar el 20 de agosto de 1935, teniendo que exiliarse en Colombia, en donde trabajó en el modesto colegio Santander en la ciudad de Sevilla. Más tarde viajó a Buenos Aires, en donde fue catedrático de universidades. Contrajo matrimonio con Corina Parral Durán.
Segundo Mandato
En enero de 1940 participó nuevamente como candidato a la presidencia, pero fue derrotado por el candidato del Partido Liberal Radical, Carlos Arroyo del Río. Posteriormente se radicó en Chile, desde donde establecía contacto con sus partidarios, que le mantenían informado de todo lo que sucedía en el Ecuador, luego residió en Pasto, Colombia. En mayo de 1944, a raíz de La Gloriosa, rebelión del 28 de mayo, se envió una comisión encargada de traerle de regreso al país, desde Ipiales, se encaminó a Quito, donde fue recibido por el pueblo en forma apoteósica. Fue nombrado jefe supremo el 1 de junio y para el 10 de agosto la Asamblea Constituyente le eligió presidente constitucional.