Las elecciones convocadas a continuación para sucederle fueron ganadas por CD, y en 1990 cedió la presidencia al democristiano Patricio Aylwin. No obstante, conservó la jefatura de las Fuerzas Armadas hasta marzo de 1998, cuando entró en el Congreso como senador vitalicio. Inquietado en sus últimos años por la justicia, viajó a Gran Bretaña para una intervención quirúrgica, y debió hacer frente a una orden de detención que lo retuvo en Londres durante varios meses. Intervino en el proceso el juez español Baltasar Garzón, por la responsabilidad que tendría Pinochet en la muerte de ciudadanos españoles en el período de la dictadura militar que él presidió.
Volvió a Chile el 3 de marzo del 2000. A pesar de que intentó alejarse de la vida pública, se mantuvo en el centro de la actualidad por la infinidad de demandas presentadas en su contra por los atropellos a los derechos humanos cometidos durante su gobierno: detenciones ilícitas, apremios ilegítimos, asesinatos e incluso terrorismo de Estado; muchos de esos delitos fueron llevados a cabo en el extranjero, como los ya citados atentados a Carlos Prats, Bernardo Leighton y Orlando Letelier. Tras su muerte, ocurrida el 10 de diciembre de 2006, fue velado en la Escuela Militar de Santiago, pero sin que se le rindieran honores de Estado.