Las alteraciones ambientales durante las dos primeras semanas después de la fecundación pueden interferir en la segmentación del cigoto y la implantación del blastocito o producir la muerte precoz y el aborto espontaneo del embrión; sin embargo, no se sabe que causen anomalías en embriones humanos. Los teratógenos que actúan durante las dos primeras semanas pueden matar al embrión, pero sus efectos alteradores se pueden compensar por las potentes propiedades reguladoras del embrión temprano. La mayor parte del desarrollo durante las dos primeras semanas se centra en la formación de estructuras extraembrionarias, como el amnios, el saco vitelino y el saco corionico. (Keith, Moore y Persaud, 2008)
El desarrollo del embrión se altera con mayor facilidad durante la formación de los órganos y tejidos. A lo largo del periodo organogenetico, los teratógenos inducen anomalías congénitas importantes. Es probable que los defectos fisiológicos, anomalías morfológicas secundarias del oído externo, por ejemplo, y las alteraciones funcionales, como el retraso mental, sean debidas a la perturbación del desarrollo durante el periodo fetal. Se sabe que algunos microorganismos, como Toxoplasma gondii, causan anomalías congénitas graves, especialmente en el encéfalo y en los ojos, cuando infectan al feto. Los microorganismos suelen matar al embrión cuando están presentes durante el periodo embrionario. (Keith, Moore y Persaud, 2008)
Cada parte, tejido y órgano de un embrión tiene un periodo crítico durante el cual se puede alterar su desarrollo. El tipo de anomalías congénitas producidas depende de que partes, tejidos y órganos sean más susceptibles en el momento en que el teratógeno esté actuando.