Manejo de los Recursos Costeros, en la que estaban representados diferentes ministerios: Defensa, Agricultura, Pesca, Energía y Minas, así como instituciones de alto nivel relacionadas con el turismo o la planificación, estando presidida por la Secretaría General de la Administración Pública. La Dirección del Programa fue bicéfala: un Director por la URI y otro por el Gobierno de Ecuador, con la misma responsabilidad y con poder de veto recíproco 21.
Una vez terminado el PMRC I, se formuló una segunda parte del programa, la cual desembocó en un segundo crédito del BID, esta vez por catorce millones de dólares( U $ 14’ 000.000) para ejecutar entre los años 2001 y 2004, creando el PMRC II. Las actividades que se desarrollaron en estos cuatro años permitieron la elaboración de gran cantidad de documentos técnicos y guías de gestión costera, que se implementaron en prácticamente todos los sectores marinos del país. En el año 2008 el PMRC desaparece como institución mediante el Decreto Ejecutivo 1254 de agosto de 2008, pasando todas sus atribuciones y competencias al Ministerio de Medio Ambiente. También la arquitectura institucional cambia, pues el Ministro de Medio Ambiente, el de
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Ibíd.
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