A pesar de que existen manglares en todos los estuarios de la costa, cada zona es diferente y tiene
sus propias características. Los que se encuentran dentro de esta área protegida tienen mayor
influencia de las aguas saladas del océano Pacífico. El refugio se encuentra al norte del golfo de
Guayaquil, muy cerca de la isla Puná, donde inicia el canal o estero El Morro. Entre las principales
razones para su declaratoria como área protegida están la existencia de una importante población de
delfines que habitan en el canal de El Morro y la colonia de fragatas de la isla Manglecito.
Esta reserva se localiza en la provincia de El Oro, en el suroccidente de Ecuador, muy cerca
de la frontera con el Perú. Se caracteriza por proteger ecosistemas secos que incluyen bosques
y matorrales. También resguarda bosques de manglar.
Los niveles de endemismo son tan impresionantes como su biodiversidad: existen muchas
especies que solamente se encuentran en los bosques secos ecuatoriales del sur del Ecuador
y norte del Perú. Antiguamente, el área fue una reserva para prácticas militares, pero dada la
importancia que tienen los ambientes secos y semiáridos se la declaró como reserva ecológica
con el fin conservar a perpetuidad estos ecosistemas.