Testes falsos negativos ocorrem raramente associados a baixos títulos de antígenos, presença de imunocomplexos, altos títulos de antígenos (fenômeno prozona) e infecção por Cryptococcus com pouca cápsula ou não encapsulados.
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Testes de ELISA foram desenvolvidos para detecção tanto de antígenos como de anticorpos. Ele detecta antígenos em títulos mais baixos e mais precocemente na infecção criptocócica. No entanto, o teste é mais demorado e laborioso.
Os anticorpos em geral, não estão presentes durante a infecção ativa e podem aparecer durante o tratamento e com a recuperação do paciente.