El conflicto tuvo como resultado la victoria del Partido Conservador, la devastación económica de la nación, más de cien mil muertos, la desaparición del Partido Nacional y el estado en que quedó el país tras el conflicto se constituyó en la sima para que se diesen algunas de las condiciones necesarias para la posterior separación de Panamá (que en ese entonces era uno de los departamentos de Colombia) en noviembre de 1903. El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra.
Se trató de un conflicto internacional que se extendió parcialmente a países vecinos como Ecuador y Venezuela, en los cuales se libraron batallas entre fuerzas colombianas y ecuatorianas y/o venezolanas que apoyaban a los actores colombianos en conflicto. Otras naciones como Guatemala, El Salvador y Nicaragua apoyaron a los liberales y a los conservadores con armamento y suministros.9 10 Estados Unidos también intervino en acciones bélicas en Panamá, donde una flota norteamericana garantizaba la seguridad del istmo desde el tratado Mallarino-Bidlack de 1846.
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osario producto de los muertos de la batalla de palonegro.