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La firma del tratado Averbury-Holguín en 1905 permitió, a través del crédito internacional, sanear la deuda externa del país y desarrollar la industria minera, textil y azucarera, las refinerías, las fábricas de alimentos, de vidrio, y papel; cultivar el banano, el café y el algodón, y proporcionar créditos bajos para la agricultura de exportación. Reyes profesionalizó y modernizó a las fuerzas armadas; en 1907 fundó la Escuela Militar de Cadetes de Bogotá y la Escuela Naval de Cartagena; en 1909 fundó la Escuela Superior de Guerra. En 1908 dividió al país en 34 departamentos y erigió a Bogotá como distrito especial. Desarmó a la población civil y estableció el monopolio de las armas por parte del Estado. Consagró el código de reconocimiento a los derechos de las minorías, buscando una paz que garantizara el progreso económico, al tiempo que en el exterior trataba de mejorar la imagen del país.