Flora
Como se ha comentado se debe evitar la localización de los parques en espacios naturales de especial interés. La presencia de endemismos o especies protegidas es también un factor limitante para la implantación de los huertos solares y es preferible elegir emplazamientos alternativos a implantar costosas medidas correctoras para su desarrollo. La realización de estudios de vegetación previos, es en muchos casos imprescindible. En los casos en los que haya presentes especies arbóreas, de interés o dignas de protección, en la disposición de las placas se deben respetar los pies y la zona inmediata de los mismos para preservar su correcto desarrollo. En estos casos se debe considerar, por motivos técnicos, el efecto de sombreado que producen las copas de los árboles. De igual modo se deben preservar también en la medida de lo posible los linderos de las parcelas, al ser un nicho ecológico importante dentro de los ecosistemas rurales.
Fauna
Aunque se cita con frecuencia que los parques solares no tienen un impacto apreciable sobre la fauna, se debe tener en cuenta que los grandes parques o el efecto sinérgico de varios situados en las proximidades, pueden afectar a la cadena trófica desde sus eslabones básicos deteriorando el ecosistema. Tienen los huertos solares especial influencia sobre las especies que nidifican en superficie sobre terrenos de secano, barbecho o pastizal que son utilizados frecuentemente para la instalación de los parques. El ejemplo más relevante en nuestro país lo representa la avutarda cuyo nicho ecológico está muy ligado a las tierras de cultivo. Estudios faunísticos deben de realizarse previamente para anticipar problemas.