Algunos de los peligros de estos cultivos para el medio ambiente y la agricultura son: incremento del uso de tóxicos en la agricultura, contaminación genética, contaminación del suelo, pérdida de biodiversidad, desarrollo de resistencias en insectos y malas hierbas, y efectos no deseados en otros organismos. Los efectos sobre los ecosistemas son irreversibles e imprevisibles. El cruce natural de las plantas modificadas y las plantas originales podría ocasionar la pérdida de esas últimas.