Però, un d'aquests perills és el fet que darrere dels projectes de manipulació genètica hi ha companyies multinacionals molt preocupades per l'interès econòmic, també es pot contaminar a altres plantes no transgèniques.
Poden arribar a ser cancerígenes en el cas de ser consumits per subjectes un estat immunològic deficient. No obstant això és una hipòtesi, però, que molts metges que estàn en contra dels aliments transgènics ho afirmen.
També pot produir al·lèrgies, cosa que preocupa molt als productors d'aquests aliments. Potser debut al material genètic transferit, a la formació inesperada d'un al·lergen o a la falta d'informació sobre la proteïna que codifica el gen insertat.